Une gratification est obligatoire pour les stages supérieurs à trois mois consécutifs. Le décret n°2008-96 du 31 janvier 2008 a fixé le montant minimal de rémunération à 12,5% du plafond de la sécurité sociale, soit 1/3 du Smic (410 euros bruts au 1er juillet 2008).

Le paiement doit se faire mensuellement, et ce dès le premier mois du stage. Si le stage a une durée inférieure à trois mois, les indemnités de stage ne sont pas imposables. Pour des stages plus longs, les indemnités doivent être déclarées par l’étudiant (ou ses parents s’il est rattaché au foyer fiscal de ceux-ci).